El término microbioma hace referencia al conjunto total de los genes de la microbiota que habita en nosotros. Es uno de los dos sets de genes que posee un organismo (en este caso nosotros mismos) y que codifica para los genes de los microorganismos que alberga en su interior, a diferencia del genoma propio del organismo en sí mismo.
El microbioma es único de cada individuo. Probablemente dependa de factores exógenos como la dieta, y el estilo de vida y otros endógenos como la inmunidad y la genética del individuo, etc. La comunidad de microorganismos en una persona no parece variar mucho a lo largo del tiempo.